かなり長いファイル名の添付ファイルを HENNGE Email DLP で暗号化したところ、
相手先に届いた ZIP ファイル名は短くなっているようです。文字数制限があるのでしょうか。

はい、自動 ZIP 暗号化するファイル名には文字数制限があり、150文字を超えるファイル名はカットします。
「（150文字まで）.拡張子」(※) のファイル名で受信側に送ります。

※150文字は半角全角を区別しません。
　拡張子は初期設定で .zip ですが、管理画面で設定中の暗号化ポリシー定義に依存します。