ご質問
Microsoft 365 のフェデレーションドメインを持つ一部ユーザーのみを、Access Control のフェデレーション対象外（Entra ID直接認証）にすることはできますか？
回答
Microsoft のフェデレーションはドメイン単位での適用となるため、フェデレーションドメイン内の一部ユーザーのみを Entra ID 経由で認証させる（フェデレーション対象外とする）ための設定は Access Control にはありません。
フェデレーション機能は Microsoft 側の動作仕様に依存しますので、IdP とフェデレーションしているドメインの一部ユーザーのみを Entra ID で認証させる構成が可能かについては、Microsoft 社にご確認ください。